O jogo é simples : cada jogador, com seu deck (baralho) de 60 cartas devidamente selecionadas entre Pokémons e evoluções (utilizadas para as batalhas em si), energias (para a utilização dos ataques dos pokémons) e treinadores (cartas que ajudam a se montar a combinação Pokémon-energias rapidamente e de boa forma), luta contra um outro jogador, onde a vitória se consegue pela compra de prêmios (cards bônus pelo nocaute de um pokémon adversário), fim de pokémons adversário (o adversário não têm mais pokémons disponíveis) ou mesmo o fim do baralho do adversário (quando o adversário não tem mais de onde "comprar" cards). O jogo, em si, tem boas lembranças das regras de Magic, mas com algumas mudanças bem características, como por exemplo a utilização de energias diretamente em um pokémon, e não manas para todas as cartas.

Existem vários tipos de cartas diferentes, existem várias cartas diferentes de um mesmo pokemon, outras mais fortes como as Lv.X, que são cartas em que os pokemons são mais fortes e podem ter uma abilidade especial extra, as cartas ex, como por exemplo, ''Jirachi ex'', parecidas com as Lv.X, só que pouco piores.

As energias são cartas que possibilitam os ataques dos pokemons, o número de energias nescessárias para o ataque estão localizadas ao lado do golpe que sera utilizado.

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